日治時期
明治二十八年(1895)馬關條約簽訂，臺灣歸屬日本，六月十七日依清領時期之地方行政區，將全臺劃分為臺北、臺灣、臺南三縣及澎湖島廳。原嘉義縣改為嘉義支廳，隸屬臺灣縣轄。八月二十日改地方行政區，原臺南縣改臺南民政支部。原嘉義支廳改嘉義出張所，屬臺南民政支部轄。
明治二十九年(1896)三月再改為臺北、臺中、臺南三縣及澎湖島廳。嘉義支廳屬臺南縣轄。
明治三十年(1897)五月又改地方行政區。劃分為六縣三廳，並改支廳為辨務署。原嘉義、雲林兩支廳合併為嘉義縣，縣治設于嘉義，管轄十四辨務署。位於今嘉義縣境（含嘉義市）有：中埔、梅仔庄、打貓、嘉義、樸仔腳等五個辨務署。
明治三十一年(1898)六月又改地方行政區，置臺北、臺中、臺南三縣及宜蘭、臺東、澎湖三廳。臺南縣轄八辨務署。位於今嘉義縣境（含嘉義市）有：嘉義、打貓、樸仔腳辨務署。
明治三十四年(1901)地方行政區又重新改制，撤銷辨務署，廢縣改廳，成立二十廳，嘉義亦為一廳，廳下再設支廳。
嘉義廳置廳治于嘉義西堡嘉義街，設有：樸仔腳、東石港、新港、打貓、中埔、梅仔坑、大莆林等七支廳。管轄嘉義西堡、嘉義東堡、大目根堡、打貓東頂堡(屬于舊嘉義縣部分)、打貓東下堡、打貓南堡、打貓北堡(屬于舊嘉義縣部分)、打貓西堡、牛稠溪堡、大康榔西堡、蔦松堡(屬于舊嘉義縣部分)、大坵田西堡、大康榔東下堡、鹿仔草堡、柴頭港堡等。
明治四十二年（1909）改二十廳為十二廳，嘉義仍為一廳，「番社」十九。嘉義廳廳署置於嘉義街。管轄三十六堡、十二支廳、六十三區長役場、五百五十五街庄。
位於今嘉義縣境之支廳有：中埔、竹頭崎、打貓、樸仔腳、東石港等五支廳。嘉義直轄地區，位於今嘉義市，包括水堀頭(今水上鄉)。
大正九年（1920）改地方行政區，西部九廳改設五州，東部二廳不變，州下設郡及市，郡下設街庄。
臺南州轄一市十郡。其中位於今嘉義縣境（含嘉義市）為嘉義郡、東石郡。嘉義郡轄一街十庄及「番地」；東石郡轄一街六庄。
昭和五年(1930)一月二十日，嘉義街由街升市，實施市制。嘉義郡郡役所仍在嘉義市。
嘉義郡轄十庄及「番地」：水上庄（今水上鄉）、民雄庄（今民雄鄉）、新巷庄（今新港鄉）、溪口庄（今溪口鄉）、大林庄（今大林鎮）、小梅庄（今梅山鄉）、竹崎庄（今竹崎鄉）、番路庄（今番路鄉）、中埔庄（今中埔鄉）、大埔庄（今大埔鄉）、「番地」（今阿里山鄉）。
東石郡轄一街六庄：朴子街（今朴子市）、六腳庄（今六腳鄉）、東石庄（今東石鄉）、布袋庄（今布袋鎮）、鹿草庄（今鹿草鄉）、太保庄（今太保市）、義竹庄（今義竹鄉）。