鄭氏時期
明永曆十五年（1661）四月初一日鄭成功登陸鹿耳門（今臺南市安南區顯宮土城一帶），十二日鄭成功親臨蚊港，相度地勢。五月初二日改赤崁為東都明京，設一府二縣，為承天府，天興縣、萬年縣。今嘉義縣境屬天興縣轄。
十八年（1664）八月鄭經改縣為州。今嘉義縣境屬天興州轄。
鄭氏下層行政組織有以「鎮營」為名，有以「里社」為名。
鄭氏軍隊派至各地駐紮，一面開墾，一面守衛，兼有管理當地住民之意。位於今嘉義縣境，雖無以「鎮營」為名，但可查知駐紮的鎮營，有義竹鄉的援剿後鎮，鹿草鄉的武驤左鎮，水上鄉、嘉義市的智武鎮，民雄鄉則有以「營盤」命名的地名。
而一般村社的地名，在清政府接收臺灣時，鄭氏歸誠所上清政府地圖中，所列地名，位於今嘉義縣境者，其中蚊港、啞里山（即阿里山）、打貓社在荷蘭時期已存在。增加龜佛山、土獅仔（今六腳鄉塗獅村）、南世竹(即南勢竹)、茄藤林(今太保市春珠里)等村社。
依伊能嘉矩（1867－1925）載「清領以前」已開墾之地，位於今嘉義縣境（含嘉義市）有：嘉義堡、打貓南堡、大康榔西堡、鹿仔草堡、龍蛟潭堡等五堡。依《臺灣開發史話》載，位於今嘉義縣境已開墾之地，有朴子、鹿草、水上、太保、六腳、民雄等地。
總之，鄭氏時期在今嘉義縣境的開墾，以沿海一帶鄉鎮為主，尤其六腳鄉為最盛，山線有民雄、中埔鄉二處。